U prvih pet godina postojanja, klub je nastupao pod imenom Željezničarski športski klub Victoria. 1919. godine mijenja ime u Športski klub "Željezničar", a pod tim nazivom nastupa sve do ljeta 1941. kad se preimenovao u Hrvatski željezničarski športski klub ("HŽŠK"). To je trajalo samo četiri godine, da bi se potom nazvao Fizkulturno društvo "Lokomotiva" te godinu poslije Fizkulturno društvo "Crvena Lokomotiva" (sezona 1946./47.).

Najveći uspjeh kluba postignut je spomenute 1952. kada je Lokomotiva završila na prvenstvenoj ljestvici iza Hajduka i Crvene Zvezde. Već 1957. klub ispada iz Prve Jugoslavenske lige i nikada se više ne uspijeva vratiti. Tijekom 80-ih je bio republički ligaš.

Od osnutka države, Lokosi su krenuli od nižih liga, a uglavnom su bili "trećeligaš" i tek je suradnjom s Dinamom krenuo napredak. Lokomotiva nije imala europskih nastupa i plasman u 1. HNL prije dvije sezone najveći je uspjeh u novijoj hrvatskoj povijesti.

Predsjednik kluba je ugledni zagrebački odvjetnik Tin Dolički, a najviše će ostati upamćen upravo po tome što je bio na čelu kluba kada je ostvaren plasman u najviši rang hrvatskog nogometa. Momčad je uoči sezone 2011./2012. preuzeo Marijo Tot.

Klub svoje utakmice igra na stadionu Maksimir, a ekipa je većinom sastavljena od Dinamovih juniora i drugih mladih igrača uz nekoliko iskusnijih pojedinaca. Najveća zvijezda u sastavu je 35-godišnji napadač Nino Bule.