U prva dva mandata izborio je s Cibalijom ostanak u ligi, a prvi zapaženi uspjeh ostvario je u trećem mandatu u sezoni 2002/03 izborivši plasman u Intertoto kup. Vinkovčani su i u Europi odigrali nekoliko dovrih utakmica, a eliminirani su tek u trećem kolu od Wolfsburga.

U ožujku 2004. godine Dražen Medić je postao predsjednik Zagreba i odmah je smijenio tek postavljenog Milivoja Bračuna i trenersku poziciju povjerio Mili Petkoviću, što se pokazalo kao pun pogodak. U završnici sezone je bez većih stresova izboren ostanak u ligi, a već u sezoni 2004/05 napravljen je značajan napredak.

Zagreb se okrenuo igračima iz vlastite škole i osvojio treće mjesto, a afirmirani su Mladen Pelaić i Senijad Ibričić. Pjesnici su pobijedili u obje utakmice protiv Dinama, a slavili su i u pet od šest dvoboja protiv Hajduka. Nakon prosječnih rezultata u jesen 2005. godine Petković je nakon završetka polusezone podnio ostavku.

Nakon točno godinu dana stanke vratio se u Cibaliju. Opet je bio uspješan u Vinkovcima izborivši ostanak u ligi nakon dramatične borbe s Pulom. No, zbog zdravstvenih problema je morao podnijeti ostavku.

Krunoslav Jurčić je napustio Slaven Belupo nakon povijesnog drugog mjesta i plasmana u Kup Uefa, a Uprava je odlučila momčad povjeriti iskusnom Mili Petkoviću, koji će tako imati priliku za najveći uspjeh u karijeri.

S koprivničke se klupe povukao u ljeto 2009. godine - njegov nasljednik postao je Zlatko Dalić - no godinu dana poslije Petković se vratio na tu funkciju i krenuo u novu pustolovinu sa Slaven Belupom.